Józef Tischner urodził się 12 marca 1931 roku w Starym Sączu. Jego rodzice byli nauczycielami: ojciec - Józef, matka - Weronika.
Dzieciństwo i młodość spędził w Łopusznej, gdzie ojciec dostał posadę kierownika szkoły. Mieszkali w budynku szkolnym; to dlatego w późniejszych latach podpisywał się niekiedy: "Józek Szkolny".
W czasie wojny Tischnerowie musieli na kilka lat opuścić Łopuszną. Przez pewien czas mieszkali w Rabie Wyżnej, a w 1942 roku ojca przeniesiono do szkoły w Rogoźniku, gdzie doczekali wyzwolenia. Tam też Józef Tischner - junior skończył szkołę powszechną oraz pierwszą gimnazjalną. W 1945 roku przyjęto go do gimnazjum w Nowym Targu, gdzie cztery lata później zdał tzw. dużą maturę. W maju 1950 roku wstąpił do seminarium przy ulicy Podzamcze w Krakowie.